合同会社と株式会社どっちを選ぶか｜会社設立で迷ったときの判断軸

軸1：費用の差はおよそ12万円

まず費用です。電子定款で作った場合、株式会社の実費はおよそ18万9千円、合同会社は6万8千円。差はおよそ12万円になります。この金額は国と公証人に納めるもので、どのツールを使っても変わりません。

差が生まれるのは2か所です。ひとつは登録免許税で、株式会社は最低15万円、合同会社は最低6万円。もうひとつは定款認証の手数料で、株式会社は資本金の額に応じて1万5千円から5万円かかり、合同会社は認証そのものが不要です。

この12万円をどう見るかは人によります。事業の規模から見れば誤差の範囲という人もいれば、開業資金がぎりぎりで12万円は大きいという人もいるでしょう。自分の資金繰りに照らして判断してください。

なお、どちらを選んでもfreeeの利用料は0円です。会社設立の書類作成にかかる費用は変わらないので、この差は純粋に制度上のものだと考えて構いません。

freeeの入力画面では形態を選ぶだけなので、この12万円の差は画面上には現れません。会社設立の予算を組むときは、自分で金額を計算しておく必要があります。

自治体の創業支援等事業による証明を使えば、登録免許税は半額になります。株式会社なら7.5万円、合同会社なら3万円。条件が合うなら、どちらを選んでも費用は下がります。

この章で参照した情報freee（バックオフィス基礎知識）「約6万円から設立可能!?会社設立に必要な費用とは？株式会社・合同会社別に解説」（2026年9月9日 確認）

軸2：手間と日数の差は1週間ほど

次に手間です。株式会社の会社設立には公証役場での定款認証があり、合同会社にはありません。この工程がひとつあるかないかで、日数にして1週間ほどの差が出ます。

定款認証は、事前に公証役場へ連絡して日程を決め、定款の案を送って見てもらい、当日に出向いて認証を受けるという流れです。予約が取れる日次第なので、自分の努力では縮められない待ち時間が発生します。

自分で会社設立を進めるなら、平日の日中に動く回数も変わります。株式会社なら公証役場と法務局で最低2回、合同会社なら法務局だけで1回。会社員をしながら準備している人には、この差は小さくありません。

freeeの入力画面でも、合同会社を選ぶと定款認証に関する案内が出てこなくなり、質問の数も減ります。作業量そのものが変わるので、体感でもはっきり違いを感じるはずです。

また、設立後の維持の手間にも差があります。株式会社では役員の任期が満了するたびに重任の登記が必要ですが、合同会社には任期という概念がありません。10年に一度とはいえ、この手続きがないのは楽です。

自分で会社設立を進めるなら、この外出の回数は現実的な問題です。有給を何日取れるか、平日の午前中に動けるか。freeeの入力がいくら楽でも、この部分は自分の時間を使うしかありません。

ただし、テレビ電話での定款認証に対応している公証役場もあります。これを使えば出向く必要がなくなるので、株式会社を選んでも外出は1回で済む可能性があります。

この章で参照した情報弥生株式会社（起業・開業お役立ち情報）「会社設立までにかかる期間は？流れや法人設立後に必要な手続きを解説」（2026年9月9日 確認）

軸3：対外的な見え方と、説明の手間

3つ目の軸は、対外的な見え方です。ここがいちばん判断の分かれるところで、費用や手間のように数字では比べられません。

株式会社という形は広く知られていて、説明の手間がありません。一方、合同会社はまだ馴染みが薄い面があり、取引先によっては「それは何ですか」と聞かれることもあります。会社設立の段階で、この説明コストを引き受けられるかを考えてください。

とくに、大きな企業と直接契約する予定があるなら、株式会社のほうが話が早い場面があります。取引先の社内規程で取引可能な法人格が定められていることもあり、そうなると形そのものが条件になります。

採用の場面でも差が出ることがあります。求職者が会社の形を見て判断するかどうかは業界によりますが、少なくとも株式会社のほうが説明は要りません。

逆に、自分と数人で完結する事業や、個人の顧客が相手の事業なら、法人格の種類が話題になることはほとんどありません。この場合、合同会社を選んで困る場面は考えにくいでしょう。

なお、合同会社でも大手企業と取引している例は珍しくありません。会社設立の形そのものより、事業の実績や内容のほうが見られることのほうが多いのが実情です。過度に心配する必要はありません。

判断の目安として、これから3年のあいだに誰と取引するのかを想像してみてください。大企業や官公庁が相手なら株式会社、個人や小規模な事業者が相手なら合同会社。この基準で考えると、迷いはかなり減ります。

この章で参照した情報自分でできる会社設立「会社設立のメリットとデメリット｜自分でできる会社設立」（2026年9月9日 確認）

軸4：将来の資金調達をどう考えるか

もうひとつの軸が、将来の資金調達です。外部の投資家から出資を受けることを考えているなら、株式会社を選ぶのが素直です。

株式会社では、株式を発行して出資を受け入れます。出資した人は株主になりますが、経営に直接関わるとは限りません。所有と経営が分かれている仕組みなので、資金だけ入れてもらうことができます。

合同会社では、出資した人は社員となり、原則として経営に関わります。つまり、お金だけ出してもらうという形が取りにくい。ベンチャーキャピタルなどからの出資も、実務上は株式会社が前提になります。

ただし、これは外部からの出資を受ける場合の話です。銀行からの融資であれば、法人格の種類によって借りられないということはありません。日本政策金融公庫の創業融資も、どちらの形でも申し込めます。

自己資金と融資だけで回すつもりなら、この軸は判断に影響しません。会社設立の段階で投資家からの出資を具体的に想定している人は、そう多くないはずです。

freeeの画面でも、会社設立の段階で将来の資金調達について聞かれることはありません。自分で先を見越して判断する部分です。いま具体的な出資の話がないなら、費用と手間で決めても問題ないでしょう。

あとから株式会社に組織変更することもできます。手続きと費用はかかりますが、道が閉ざされているわけではありません。必要になったときに変えるという判断も現実的です。

この章で参照した情報freee（バックオフィス基礎知識）「法人化（法人成り）とは？メリットやデメリット、最適なタイミングについて徹底解説」（2026年9月9日 確認）

内部の意思決定の仕組みが違う

複数人で会社設立をする場合、内部の意思決定の仕組みの違いが効いてきます。ひとりで始めるなら関係のない話ですが、共同創業なら確認しておくべき点です。

株式会社では、株主総会での議決権は持ち株数に比例します。出資額が多い人ほど発言力が大きくなる仕組みです。会社設立の段階で出資比率を決めれば、そのまま力関係が決まります。

合同会社では、原則として社員1人につき1議決権です。出資額の多い少ないにかかわらず、頭数で決まります。重要な事項については社員全員の同意が必要になることもあります。

この違いは、意見が割れたときに表面化します。株式会社なら多数の株を持つ人の意向が通りますが、合同会社では出資額に関係なく全員の合意が要る場面が出てきます。

ただし、合同会社では定款で議決権の割合を定めることもできます。会社設立の段階で取り決めを定款に書いておけば、株式会社に近い形にすることも可能です。

ひとりで会社設立をするなら、この論点はまったく関係ありません。自分ひとりの意思決定なので、どちらの形でも同じです。共同創業のときだけ確認してください。

複雑な取り決めが必要なら、freeeの標準的な入力だけでは足りません。この場合は司法書士に相談したほうが確実です。自分で無理に進めると、あとで揉める種を残すことになります。

この章で参照した情報freee（バックオフィス基礎知識）「合同会社を設立する流れとは？自分一人で手続きする方法や必要書類・費用を解説」（2026年9月9日 確認）

税金の扱いは、ほとんど同じ

「合同会社のほうが税金が安い」という誤解を見かけることがありますが、そんなことはありません。法人税も法人住民税も消費税も、株式会社と合同会社で扱いは同じです。

設立時の資本金が1,000万円未満なら、原則として設立1期目と2期目は消費税の免税事業者になります。これも形態にかかわらず同じ条件です。

法人住民税の均等割も、資本金と従業員数で決まります。会社の形態では変わりません。赤字でも毎年かかる費用なので、どちらを選んでも同じだけ負担します。

役員報酬の扱いも基本的に同じです。株式会社の役員報酬も、合同会社の業務執行社員への報酬も、定期同額給与として扱うための考え方は共通しています。

つまり、税金の面で会社設立の形態を選ぶ理由はほとんどありません。差が出るのは設立時の実費と、設立後の登記の手間くらいです。

freeeの会計ソフトを使う場合も、株式会社と合同会社で機能が変わることはありません。会社設立のあとの記帳や申告のやり方も同じです。

自分で判断するときは、この点を頭に入れておいてください。「節税のために合同会社」という話が出てきたら、それは正確ではありません。

この章で参照した情報弥生株式会社（起業・開業お役立ち情報）「会社設立後に最長2年間消費税が免除になる？要件や注意点を解説」（2026年9月9日 確認）

freeeでの入力は、どちらもほぼ同じ

freee会社設立は、株式会社にも合同会社にも対応しています。最初にどちらかを選ぶと、それに応じた質問が出てくる仕組みです。

入力の流れ自体はほとんど同じで、商号、事業目的、本店所在地、資本金、出資者と役員、事業年度を順に入れていきます。合同会社を選ぶと、株式に関する項目や役員の任期が聞かれなくなります。

出力される書類も形態に応じて変わります。株式会社なら発起人の決定書や取締役の就任承諾書、合同会社なら社員の同意書といった具合です。どちらもfreeeが自動で組み立ててくれます。

迷っているなら、両方のパターンで入力してみるという手もあります。出力される書類の量を比べると、手間の差が実感できます。会社設立の入力データは保存できるので、試してから決めても構いません。

ただし、形態を変えると入力し直しになる部分もあります。ある程度は決めてから入力を始めるほうが、自分で進めるうえでは効率的です。

入力を試すこと自体は無料でできます。会社設立の書類を出力するところまで進めても費用は発生しないので、自分で両方見比べてから決めるという進め方は十分に現実的です。

freeeを使うかどうかにかかわらず、この選択の重さは変わりません。ツールが代わりに決めてくれるわけではないので、判断は自分でしてください。

この章で参照した情報freee会社設立（公式）「freee会社設立｜無料で安心、簡単に設立手続き」（2026年9月9日 確認）

ケース別に見た、おすすめの形

ここまでの軸を、具体的なケースに当てはめてみます。自分に近いものを探してみてください。

個人事業主からの法人成りで、取引先が個人や小規模事業者中心なら、合同会社で十分なことが多いです。設立の費用を抑えて、その分を事業に回すという判断は合理的です。

一方、法人成りの理由が「取引先から法人格を求められた」という場合は、その取引先が何を求めているかを確認してください。株式会社でなければ駄目なのか、法人でありさえすればいいのか。ここで答えが変わります。

法人成りの場合、個人事業のときの取引先がそのまま続くことがほとんどです。会社設立を機に取引先が入れ替わるわけではないので、いまの相手が何を求めているかで判断するのが自然です。

どちらとも決めきれないなら、合同会社で始めるという選択もあります。費用が安いぶん失うものが少なく、必要になれば組織変更もできます。会社設立を自分で進めるなら、手間が軽いという利点も効いてきます。

この章で参照した情報freee（バックオフィス基礎知識）「会社設立を自分で行うには？費用・必要な手続き・設立時のポイントを解説」（2026年9月9日 確認）

まとめ：費用より、相手と将来で決める

合同会社と株式会社の選び方について、ここまでの内容をまとめます。

• 費用の差はおよそ12万円。登録免許税と定款認証の2か所から生まれる
• 手間と日数の差は1週間ほど。公証役場に行く工程があるかどうか
• 対外的な見え方では株式会社が有利。ただし相手による
• 外部から出資を受けるなら株式会社。融資はどちらでも同じ
• 複数人なら意思決定の仕組みの違いを確認する
• 税金の扱いはほとんど同じ。節税を理由に選ぶものではない
• 迷ったら、これから3年の取引相手を想像して決める

freeeを使って自分で会社設立を進めるなら、どちらを選んでも入力の流れは大きくは変わりません。違いが出るのは、その先の工程と費用です。

12万円の差は無視できない金額ですが、それだけで決めるものでもありません。事業の姿に合わない形を選ぶと、あとで組織変更の費用と手間がかかります。

この記事の金額や制度は2026年9月9日に一次情報で確認したものです。変わることがあるので、実際に決めるときは各章の出典リンクから最新の内容を確かめてください。

この章で参照した情報freee（バックオフィス基礎知識）「会社設立の費用はいくら？株式会社と合同会社の維持費もわかりやすく解説」（2026年9月9日 確認）